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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

피처 전처리

비디오 연습에서 doxorubicin 연구의 샘플 분포가 매우 오른쪽으로 치우쳐 있음을 확인하셨죠. 따라서 첫 단계로 피처를 전처리해야 합니다: 로그 변환, 정규화, 그리고 필터링을 수행하세요.

지침

100 XP

원시(raw) 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset_raw가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지도 로드되어 있어요.

  • 측정값을 로그 변환하세요. plotDensities로 시각화하고, 샘플 레이블은 genotype으로 지정하세요.

  • normalizeBetweenArrays로 분위수 정규화를 수행한 뒤 다시 시각화하세요.

  • rowMeans를 사용해 평균 발현 수준이 0보다 큰 유전자를 찾으세요.

  • 논리형 벡터 keep으로 유전자(즉, 행)를 필터링하고 다시 시각화하세요.