경로 풍부도 분석
doxorubicin 연구에서 차등 발현 유전자가 어떤 영향을 미치는지 더 잘 이해하기 위해, KEGG 데이터베이스에 정리된 알려진 생물학적 경로의 풍부도를 테스트해 보세요. 대조 "dox_wt"와 "interaction"에서 차등 발현 유전자에 과대표현되어 있는 KEGG 경로는 무엇인가요?
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
적합된 모형 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지도 이미 로드되어 있어요.
데이터 프레임
fit2$genes에서 Entrez Gene ID를 추출하세요.대조
"dox_wt"에 대해kegga로 KEGG 경로 풍부도 검정을 수행하세요. 종은 Mus musculus에 해당하는"Mm"로 설정하세요.topKEGG로 상위 5개의 풍부한 KEGG 경로를 확인하세요.대조
"interaction"에 대해서도 동일한 경로 풍부도 분석을 반복하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)