1. เรียนรู้
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
Connected

Exercises

경로 풍부도 분석

doxorubicin 연구에서 차등 발현 유전자가 어떤 영향을 미치는지 더 잘 이해하기 위해, KEGG 데이터베이스에 정리된 알려진 생물학적 경로의 풍부도를 테스트해 보세요. 대조 "dox_wt"와 "interaction"에서 차등 발현 유전자에 과대표현되어 있는 KEGG 경로는 무엇인가요?

คำแนะนำ

100 XP

적합된 모형 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지도 이미 로드되어 있어요.

  • 데이터 프레임 fit2$genes에서 Entrez Gene ID를 추출하세요.

  • 대조 "dox_wt"에 대해 kegga로 KEGG 경로 풍부도 검정을 수행하세요. 종은 Mus musculus에 해당하는 "Mm"로 설정하세요.

  • topKEGG로 상위 5개의 풍부한 KEGG 경로를 확인하세요.

  • 대조 "interaction"에 대해서도 동일한 경로 풍부도 분석을 반복하세요.