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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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Exercise

유전자 필터링

데이터에 로그 변환과 분위수 정규화를 적용했으므로, 이제 연구 대상 시스템과 관련 없는 낮은 발현 유전자를 제거해야 합니다.

Инструкции

100 XP

정규화된 Populus 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset_norm이 작업 공간에 로드되어 있어요.

  • plotDensities를 사용해 각 샘플의 유전자 발현 수준 분포를 시각화하세요. 범례는 표시하지 마세요.

  • rowMeans로 평균 발현 수준이 5보다 큰 유전자를 판별하세요. 이 논리형 벡터의 이름은 keep으로 하세요.

  • 논리형 벡터 keep을 사용해 ExpressionSet 객체의 유전자(즉, 행)를 필터링하고, 다시 시각화하세요.