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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

2x2 요인 설계에서 차등 발현 검정하기

이번에는 대비가 이전 예시보다 많지만, limma로 차등 발현을 검정하는 절차는 동일한 파이프라인을 사용합니다.

지침

100 XP

Populus 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset, 디자인 행렬(design), 대비 행렬(cm)이 작업 공간에 로드되어 있습니다.

  • lmFit으로 모형 계수를 적합하세요.

  • contrasts.fit으로 대비를 반영해 적합하세요.

  • eBayes로 t-통계량을 계산하세요.

  • decideTests로 결과를 요약하세요.