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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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Bài tập

p-값 히스토그램

검정을 수행한 뒤, 각 대비의 p-값 분포를 살펴보며 모형이 올바르게 지정되었는지 확인하세요. 차등 발현 유전자가 거의 없는 대비에서는 p-값이 균등분포에 가깝게 나타나고, 차등 발현 유전자가 많은 대비에서는 오른쪽으로 치우친 분포가 예상된다는 점을 기억하세요.

Hướng dẫn

100 XP

적합된 모형 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지는 이미 로드되어 있어요.

  • topTable을 사용해 대비 "dox_wt"에 대해 모든 유전자의 요약 통계를 얻으세요. 반환할 유전자의 수는 fit2의 행 개수와 같게 설정하세요.

  • 대비 "dox_top2b"와 "interaction"에 대해서도 동일하게 수행하세요.

  • 각 세 대비에 대해 hist를 사용해 p-값의 히스토그램을 만드세요.