2x2 요인 설계를 위한 디자인 행렬
가뭄이 나무 생장에 미치는 영향을 조사하는 2x2 요인 실험에서, 두 가지 다른 Populus 나무 종류를 두 가지 물 공급 조건에서 재배했어요. 각 그룹마다 하나의 모형 계수를 두려면, 먼저 두 변수를 결합해야 해요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
Populus 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있어요.
type(나무 종류)과water(정상 vs. 가뭄) 변수를 하나의 범주형 변수로 결합하세요.model.matrix를 사용해 절편이 없는 디자인 행렬을 만드세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)