3개 그룹을 위한 대조 행렬
세 가지 산소 수준 각각 사이에서 차등 발현된 유전자를 찾으려면, 3개의 쌍별(pairwise) 대조를 정의해야 해요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
저산소증 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset과 방금 생성한 설계 행렬(design)이 작업 공간에 로드되어 있어요.
makeContrasts를 사용해 3개의 쌍별 대조를 정의하세요. 설계 행렬의 열 이름을 따옴표 없이 그대로 사용해야 한다는 점을 기억하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm