설계 행렬

doxorubicin 실험은 2x2 요인 설계이므로, 그룹 평균 매개변수화를 사용하려면 결합 변수를 만들어야 합니다.

이 연습은 강의의 일부입니다

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

강의 보기

연습 안내

doxorubicin 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있습니다.

genotype(WT 대 Top2b null)와 treatment(PBS 대 Dox) 변수를 하나의 요인 변수로 결합하세요.
model.matrix를 사용해 절편이 없는 설계 행렬을 만드세요.

실습형 인터랙티브 연습

이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

코드 편집 및 실행