2x2 요인 설계를 위한 대비 행렬
2x2 요인 설계에서는 만들 수 있는 대비가 많아요. 각 수분 조건에서 나무 종류 간 차이, 각 나무별 가뭄 처리에 대한 반응 차이, 그리고 두 나무 종류 간 가뭄 반응의 차이(전통적으로 상호작용 효과라고 부릅니다)를 검정해야 합니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
Populus 데이터가 포함된 ExpressionSet 객체 eset과 바로 전에 만든 디자인 행렬(design)이 작업 공간에 로드되어 있어요.
가뭄 조건에서 나무 종류(NM6 대 DN34)의 효과를 검정하기 위해
type_drought를 생성하세요.DN34 나무에서 가뭄의 효과를 검정하기 위해
water_dn34를 생성하세요.두 나무 종류 간 가뭄 반응의 차이(상호작용 효과)를 검정하기 위한 상호작용 항을 생성하세요(힌트:
water_nm6와water_dn34를 대비하세요).
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
type_drought = ___ - ___,
water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
water_dn34 = ___ - ___,
interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm