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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

2x2 요인 설계를 위한 대비 행렬

2x2 요인 설계에서는 만들 수 있는 대비가 많아요. 각 수분 조건에서 나무 종류 간 차이, 각 나무별 가뭄 처리에 대한 반응 차이, 그리고 두 나무 종류 간 가뭄 반응의 차이(전통적으로 상호작용 효과라고 부릅니다)를 검정해야 합니다.

지침

100 XP

Populus 데이터가 포함된 ExpressionSet 객체 eset과 바로 전에 만든 디자인 행렬(design)이 작업 공간에 로드되어 있어요.

  • 가뭄 조건에서 나무 종류(NM6 대 DN34)의 효과를 검정하기 위해 type_drought를 생성하세요.

  • DN34 나무에서 가뭄의 효과를 검정하기 위해 water_dn34를 생성하세요.

  • 두 나무 종류 간 가뭄 반응의 차이(상호작용 효과)를 검정하기 위한 상호작용 항을 생성하세요(힌트: water_nm6와 water_dn34를 대비하세요).