차등 발현 검정하기
이제 설계 행렬과 대비(contrasts) 행렬을 정의했으므로, 두 종류의 생쥐에서 doxorubicin 처치에 따른 차등 발현을 검정할 수 있습니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
doxorubicin 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset, 설계 행렬 design, 그리고 대비 행렬 cm이 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지는 이미 로드되어 있습니다.
lmFit으로 모형 계수를 적합하세요.contrasts.fit으로 대비를 적합하세요.eBayes로 t-통계량을 계산하세요.decideTests와vennDiagram으로 결과를 요약하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)