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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

차등 발현 검정하기

이제 설계 행렬과 대비(contrasts) 행렬을 정의했으므로, 두 종류의 생쥐에서 doxorubicin 처치에 따른 차등 발현을 검정할 수 있습니다.

지침

100 XP

doxorubicin 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset, 설계 행렬 design, 그리고 대비 행렬 cm이 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지는 이미 로드되어 있습니다.

  • lmFit으로 모형 계수를 적합하세요.

  • contrasts.fit으로 대비를 적합하세요.

  • eBayes로 t-통계량을 계산하세요.

  • decideTests와 vennDiagram으로 결과를 요약하세요.