ExpressionSet 객체 만들기

하나의 실험에서 3개의 서로 다른 데이터 세트를 따로 관리하면 번거롭고 오류가 생기기 쉽습니다. 특히 필터링이 필요할 때 더 그렇죠. Bioconductor의 ExpressionSet 클래스를 사용해 백혈병 실험의 3개 데이터 세트를 하나의 통합 객체로 결합하세요.

이 연습은 강의의 일부입니다

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

강의 보기

연습 안내

표현 행렬(x), 특징 데이터(f), 그리고 표현형 데이터(p)가 작업 공간에 로드되어 있습니다.

ExpressionSet 함수를 사용해 새로운 ExpressionSet 객체를 만드세요.
표현 행렬을 assayData 인수에 전달하세요.
표현형 데이터 프레임을 phenoData 인수에 전달하세요.
특징 데이터 프레임을 featureData 인수에 전달하세요.

실습형 인터랙티브 연습

이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

코드 편집 및 실행