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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

3개 그룹을 위한 설계 행렬

저산소(hypoxia) 실험에서는 줄기세포를 산소 1%, 5%, 21%의 세 가지 농도에 노출했어요. 이 세 가지 환경에서의 세포 기능을 비교하려면, 그룹-평균(parameterization) 방식을 사용해 산소 농도별로 각각 하나의 계수를 갖는 선형 모델을 지정하세요.

지침

100 XP

저산소 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있어요.

  • model.matrix를 사용해 절편이 없는 설계 행렬을 만드세요. 이 연구에서의 관심 변수(세 가지 산소 농도)는 표현형 데이터 프레임의 oxygen 열에 있다는 점을 기억하세요.