3개 그룹을 위한 설계 행렬
저산소(hypoxia) 실험에서는 줄기세포를 산소 1%, 5%, 21%의 세 가지 농도에 노출했어요. 이 세 가지 환경에서의 세포 기능을 비교하려면, 그룹-평균(parameterization) 방식을 사용해 산소 농도별로 각각 하나의 계수를 갖는 선형 모델을 지정하세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
저산소 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있어요.
model.matrix를 사용해 절편이 없는 설계 행렬을 만드세요. 이 연구에서의 관심 변수(세 가지 산소 농도)는 표현형 데이터 프레임의oxygen열에 있다는 점을 기억하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)