ボルケーノプロット
次に、白血病研究における発現差の大きさを可視化するためにボルケーノプロットを作成します。これは、y軸に差次的発現の対数オッズ、x軸に対数フォールドチェンジを表示します。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
Chapter 2 の白血病研究の当てはめ済みモデルオブジェクト fit2 がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージも読み込み済みです。
上位5つの遺伝子をハイライトするボルケーノプロットを作成してください。
データフレーム
fit2$genesの列symbolを引数namesに渡し、上位5つの遺伝子に遺伝子シンボルのラベルを付けてください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)