3群のコントラスト行列
3つの酸素レベルそれぞれの間で差次的に発現している遺伝子を特定するには、3つのペアワイズ・コントラストを定義する必要があります。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
低酸素データを含む ExpressionSet オブジェクト eset と、直前に作成したデザイン行列（design）はワークスペースに読み込まれています。
makeContrastsを使って、3つのペアワイズ・コントラストを定義してください。デザイン行列の列名は引用符を付けずに使用する点に注意してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm