ボルケーノプロット
各コントラストにおける遺伝子発現変動の大きさを、ボルケーノプロットで可視化します。ボルケーノプロットでは、y軸に差次的発現である対数オッズ、x軸に対数フォールドチェンジを表示します。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
当てはめ済みのモデルオブジェクト fit2 がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージもすでにロード済みです。
データフレーム
fit2$genesから遺伝子シンボル（symbol）にアクセスしてください。3つのコントラストそれぞれについて、上位5遺伝子をハイライトしたボルケーノプロットを作成してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)