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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

ボルケーノプロット

各コントラストにおける遺伝子発現変動の大きさを、ボルケーノプロットで可視化します。ボルケーノプロットでは、y軸に差次的発現である対数オッズ、x軸に対数フォールドチェンジを表示します。

指示

100 XP

当てはめ済みのモデルオブジェクト fit2 がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージもすでにロード済みです。

  • データフレーム fit2$genes から遺伝子シンボル（symbol）にアクセスしてください。

  • 3つのコントラストそれぞれについて、上位5遺伝子をハイライトしたボルケーノプロットを作成してください。