2群を比較する線形モデルを指定する
白血病の実験で差次的に発現する遺伝子を特定するには、次の線形モデルをRに翻訳する必要があります。
ここで、\(X_{1}\) は進行性がんでは 1、安定がんでは 0 です（注：Rはアルファベット順で自動的に基準条件を選びます）。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
白血病データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。
model.matrixを使って、切片項と疾患ステータスを表す係数を持つデザイン行列を作成してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)