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バッチ効果を可視化する

嗅覚幹細胞の実験では、7種類の処理それぞれに4つのレプリケートがあり、合計28サンプルでした。ただし、これら28サンプルは4つの別々のバッチで処理されています。生物学的に関心があるのは処理の効果ですが、バッチの効果は技術的ノイズです。次元削減を用いて、どちらの効果のほうが遺伝子発現データへの影響が大きいかを判断してください。

คำแนะนำ

100 XP

嗅覚幹細胞データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。

  • plotMDS を使って主成分をプロットします。サンプルには受けた処理名でラベルを付け、gene.selection を "common" に設定します。

  • 主成分を再度可視化し、今度はサンプルにバッチでラベルを付けます。