箱ひげ図を作成する
白血病データセットを探索しましょう。最初の遺伝子の発現量を、安定型と進行型の患者で箱ひげ図に可視化します。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
発現行列(x)、特徴量データ(f)、表現型データ(p)はワークスペースに読み込まれています。
xを最初の遺伝子(=行)のみ含むように抽出し、式の~の左側(y軸)に入れてください。pを列"Disease"のみ含むように抽出し、式の~の右側(x軸)に入れてください。fを最初の遺伝子(=行)と列"symbol"のみに抽出し、プロットタイトル用にmain引数へ渡してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create a boxplot of the first gene in the expression matrix
boxplot(___ ~ ___, main = ___)