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箱ひげ図を作成する

白血病データセットを探索しましょう。最初の遺伝子の発現量を、安定型と進行型の患者で箱ひげ図に可視化します。

この演習はコースの一部です

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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演習の手順

発現行列(x)、特徴量データ(f)、表現型データ(p)はワークスペースに読み込まれています。

  • x を最初の遺伝子(=行)のみ含むように抽出し、式の ~ の左側(y軸)に入れてください。

  • p を列 "Disease" のみ含むように抽出し、式の ~ の右側(x軸)に入れてください。

  • f を最初の遺伝子(=行)と列 "symbol" のみに抽出し、プロットタイトル用に main 引数へ渡してください。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Create a boxplot of the first gene in the expression matrix
boxplot(___ ~ ___, main = ___)
コードを編集して実行