3群のデザイン行列
低酸素(hypoxia)実験では、幹細胞を 1%、5%、21% の3つの酸素レベルに曝露しました。これら3つの環境での細胞機能を比較するために、グループ平均パラメータ化を用いて、各酸素レベルに1つずつ係数を持つ線形モデルを指定してください。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
低酸素データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。
model.matrixを使って、切片なしのデザイン行列を作成します。本研究での関心変数(3つの酸素レベル)は、フェノタイプデータフレームのoxygen列にあります。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)