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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

3群のデザイン行列

低酸素（hypoxia）実験では、幹細胞を 1%、5%、21% の3つの酸素レベルに曝露しました。これら3つの環境での細胞機能を比較するために、グループ平均パラメータ化を用いて、各酸素レベルに1つずつ係数を持つ線形モデルを指定してください。

指示

100 XP

低酸素データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。

  • model.matrix を使って、切片なしのデザイン行列を作成します。本研究での関心変数（3つの酸素レベル）は、フェノタイプデータフレームの oxygen 列にあります。