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3群のデザイン行列

低酸素(hypoxia)実験では、幹細胞を 1%、5%、21% の3つの酸素レベルに曝露しました。これら3つの環境での細胞機能を比較するために、グループ平均パラメータ化を用いて、各酸素レベルに1つずつ係数を持つ線形モデルを指定してください。

この演習はコースの一部です

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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演習の手順

低酸素データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。

  • model.matrix を使って、切片なしのデザイン行列を作成します。本研究での関心変数(3つの酸素レベル)は、フェノタイプデータフレームの oxygen 列にあります。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)
コードを編集して実行