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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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연습 문제

p値のヒストグラム

有用な診断プロットの1つが p値のヒストグラムです。低い p値が高密度で現れる場合は、多くの遺伝子が発現差ありであることを示します。いっぽう、ヒストグラムが一様に分布していれば、その数は少ないことを示します。白血病研究のデータについて、p値のヒストグラムを作成してください。

지침

100 XP

第2章の白血病研究の当てはめ済みモデルオブジェクト fit2 は、すでにワークスペースに読み込まれています。limma パッケージも読み込み済みです。

  • topTable を使って、各遺伝子の要約統計量を取得します。

  • すべての遺伝子の結果を得るには、引数 number を fit2 の行数に設定します。

  • 有意度での並べ替えを無効にするには、引数 sort.by を "none" に設定します。

  • hist を使って p値のヒストグラムを作成します。