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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

パスウェイのエンリッチメント

ドキソルビシン研究における差次的発現遺伝子の影響をよりよく理解するために、KEGG データベースで整理された既知の生物学的パスウェイのエンリッチメントを検定します。 コントラスト "dox_wt" と "interaction" に対して、差次的発現遺伝子に過剰代表されている KEGG パスウェイはどれですか？

指示

100 XP

当てはめたモデルオブジェクト fit2 は作業スペースに読み込まれています。limma パッケージもすでに読み込まれています。

  • データフレーム fit2$genes から entrez Gene ID を抽出します。

  • コントラスト "dox_wt" について、kegga を使って KEGG パスウェイのエンリッチメントを検定します。種は Mus musculus に対応する "Mm" に設定します。

  • topKEGG を使って、上位5つのエンリッチされた KEGG パスウェイを表示します。

  • コントラスト "interaction" でも同様にパスウェイのエンリッチメントを実行します。