パスウェイのエンリッチメント
ドキソルビシン研究における差次的発現遺伝子の影響をよりよく理解するために、KEGG データベースで整理された既知の生物学的パスウェイのエンリッチメントを検定します。 コントラスト "dox_wt" と "interaction" に対して、差次的発現遺伝子に過剰代表されている KEGG パスウェイはどれですか？
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
当てはめたモデルオブジェクト fit2 は作業スペースに読み込まれています。limma パッケージもすでに読み込まれています。
データフレーム
fit2$genesから entrez Gene ID を抽出します。コントラスト
"dox_wt"について、keggaを使って KEGG パスウェイのエンリッチメントを検定します。種は Mus musculus に対応する"Mm"に設定します。topKEGGを使って、上位5つのエンリッチされた KEGG パスウェイを表示します。コントラスト
"interaction"でも同様にパスウェイのエンリッチメントを実行します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)