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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

p値のヒストグラム

検定を実行したら、各コントラストに対するp値の分布を確認して、モデルが正しく指定されているかを確かめましょう。差次的に発現する遺伝子が少ないコントラストでは、p値は一様分布になることが期待されます。多いコントラストでは、右に歪んだ分布（小さいp値が多い）が期待されます。

指示

100 XP

当てはめ済みのモデルオブジェクト fit2 は作業スペースに読み込まれています。limma パッケージはすでに読み込まれています。

  • topTable を使って、コントラスト "dox_wt" の各遺伝子に対する要約統計量を取得します。返す遺伝子数は fit2 の行数と同じに設定してください。

  • 同様に、コントラスト "dox_top2b" と "interaction" についても実行します。

  • hist を使って、これら3つのコントラストそれぞれの p値のヒストグラムを作成します。