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2つのグループ間での発現差の検定

ExpressionSetオブジェクトとデザイン行列がそろったので、limmaでモデルの当てはめと検定を行いましょう。

この演習はコースの一部です

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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演習の手順

白血病データの ExpressionSet オブジェクト eset と、直前に作成したデザイン行列(design)はワークスペースに読み込まれています。

  • lmFit でモデル係数を当てはめます。

  • eBayes で t 統計量を計算します。

  • decideTests で結果を要約します。

  • 切片項を検定しても意味がないため、decideTests を実行する際は係数 "Diseasestable" を指定してください。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)
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