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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

正規化

生の遺伝子発現データは扱いづらく、とくに研究対象の系に関係しない遺伝子が多く含まれます。新しいデータセットを受け取ったら、まずはデータを可視化し、必要な前処理を行うことが最初のステップです。

指示

100 XP

Populus の生データを含む ExpressionSet オブジェクト eset_raw がワークスペースに読み込まれています。

  • plotDensities を使って、各サンプルの遺伝子発現レベルの分布を可視化してください。凡例は無効にします。

  • 測定値を対数変換し、もう一度可視化します。

  • normalizeBetweenArrays を用いて分位数正規化を行い、再度可視化します。