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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

2x2 因子実験での差次的発現の検定

コントラストの数はこれまでの例より多くなりますが、limma で差次的発現を検定するためのパイプライン自体は同じです。

指示

100 XP

Populus データを含む ExpressionSet オブジェクト eset、デザイン行列（design）、コントラスト行列（cm）はすでにワークスペースに読み込まれています。

  • lmFit でモデル係数を当てはめます。

  • contrasts.fit でコントラストを当てはめます。

  • eBayes で t 統計量を計算します。

  • decideTests で結果を要約します。