1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
Connected

Exercise

特徴量の前処理

ビデオ演習では、ドキソルビシン研究のサンプル分布が大きく右に歪んでいることを確認しました。そこで最初のステップとして、特徴量の前処理（対数変換、正規化、フィルタリング）を行います。

Instructions

100 XP

raw データを含む ExpressionSet オブジェクト eset_raw がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージも読み込まれています。

  • 測定値を対数変換します。plotDensities を使って可視化し、サンプルには遺伝子型のラベルを付けます。

  • normalizeBetweenArrays で四分位数正規化を行い、再度可視化します。

  • rowMeans を使って、平均発現量が 0 より大きい遺伝子を特定します。

  • 論理ベクトル keep を使って遺伝子（行）をフィルタし、再度可視化します。