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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

バッチ効果を除去する

前の演習では、処理（treatment）の効果よりも、バッチの効果のほうが変動に大きく影響していることを確認しました。幸い、嗅覚幹細胞の研究は完全にバランスが取れており、つまり各処理が4つすべてのバッチに含まれていました。そのため、バッチ処理により導入された変動を取り除き、シグナル対ノイズ比を高めることができます。

指示

100 XP

嗅覚幹細胞データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。

  • removeBatchEffect を使って、データから4つのバッチの効果を除去してください。
  • plotMDS を使って主成分を可視化します。サンプルには受けた処理（treatment）でラベルを付けてください。
  • サンプルをバッチでラベル付けし、主成分をもう一度可視化してください。