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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

KEGG パスウェイ

差次的発現の結果を解釈しやすくするために、既知の遺伝子セットに対してエンリッチメントを検定する方法がよく使われます。KEGG データベースには、同じ生物学的経路で相互作用することが知られている遺伝子のキュレート済みセットが収録されています。 白血病研究の差次的発現遺伝子では、どの KEGG パスウェイが過剰に代表されていますか？

指示

100 XP

第2章の白血病研究の当てはめ済みモデルオブジェクト fit2 がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージもすでにロード済みです。

  • データフレーム fit2$genes から Entrez Gene ID を抽出します。

  • kegga で KEGG パスウェイのエンリッチメントを検定します。種は Homo sapiens を表す "Hs" に設定します。

  • topKEGG を使って、エンリッチされた上位20個の KEGG パスウェイを表示します。