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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

発現差の検定

デザイン行列とコントラスト行列を定義できたので、2種類のマウスにおけるドキソルビシン処理による発現差を検定できます。

指示

100 XP

ドキソルビシンのデータを含む ExpressionSet オブジェクト eset、デザイン行列 design、コントラスト行列 cm が作業スペースに読み込まれています。limma パッケージはすでに読み込まれています。

  • lmFit でモデル係数を当てはめます。

  • contrasts.fit でコントラストを当てはめます。

  • eBayes で t 統計量を計算します。

  • decideTests と vennDiagram で結果を要約します。