変動要因を確認する
次に、主成分分析を用いてデータ内の変動要因を確認します。サンプルは遺伝子型（WT と Top2b 欠損）や処置（PBS と Dox）ごとにクラスタリングしていますか？
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
ドキソルビシンのデータを含む ExpressionSet オブジェクト eset は、すでにワークスペースに読み込まれています。limma パッケージも読み込まれています。
plotMDSを使って主成分を可視化し、サンプルに遺伝子型のラベルを付けてください。もう一度主成分を可視化し、今度はサンプルに処置のラベルを付けてください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")