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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

変動要因を確認する

次に、主成分分析を用いてデータ内の変動要因を確認します。サンプルは遺伝子型（WT と Top2b 欠損）や処置（PBS と Dox）ごとにクラスタリングしていますか？

指示

100 XP

ドキソルビシンのデータを含む ExpressionSet オブジェクト eset は、すでにワークスペースに読み込まれています。limma パッケージも読み込まれています。

  • plotMDS を使って主成分を可視化し、サンプルに遺伝子型のラベルを付けてください。

  • もう一度主成分を可視化し、今度はサンプルに処置のラベルを付けてください。