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グループ平均モデルのデザイン行列

前の章では、従来の treatment-contrasts パラメータ化を用いて白血病データの差次的遺伝子発現(DE)を検定しました。より柔軟なグループ平均パラメータ化を学ぶ第一歩として、同じ結果が得られることを確認するために、白血病データをもう一度検定します。

この演習はコースの一部です

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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演習の手順

白血病データを含む ExpressionSet オブジェクト eset がワークスペースに読み込まれています。

  • model.matrix を使って、切片なしのデザイン行列を作成してください。本研究での関心のある変数(進行がん vs. 安定がん)は、フェノタイプデータフレームの Disease 列にあります。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)
コードを編集して実行