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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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Exercise

Gene Ontology カテゴリ

前の演習では、生物学的経路のエンリッチメントを検定しました。ここでは、同じ生物学的プロセスに関与することが知られている遺伝子セット、すなわち Gene Ontology（GO）カテゴリのエンリッチメントを検定します。 白血病研究における差次的発現遺伝子では、どの GO カテゴリが過剰に代表されていますか？

Instrukcje

100 XP

第2章の白血病研究の当てはめ済みモデルオブジェクト fit2 がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージはすでに読み込まれています。

  • データフレーム fit2$genes から entrez Gene ID を抽出します。

  • goana で GO カテゴリのエンリッチメントを検定します。種は Homo sapiens のため、"Hs" を指定します。

  • topGO で上位20個のエンリッチされた GO カテゴリを表示します。Biological Processes を返すには、引数 ontology を "BP" に設定します。