Gene Ontology カテゴリ
前の演習では、生物学的経路のエンリッチメントを検定しました。ここでは、同じ生物学的プロセスに関与することが知られている遺伝子セット、すなわち Gene Ontology（GO）カテゴリのエンリッチメントを検定します。 白血病研究における差次的発現遺伝子では、どの GO カテゴリが過剰に代表されていますか？
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
第2章の白血病研究の当てはめ済みモデルオブジェクト fit2 がワークスペースに読み込まれています。limma パッケージはすでに読み込まれています。
データフレーム
fit2$genesから entrez Gene ID を抽出します。goanaで GO カテゴリのエンリッチメントを検定します。種は Homo sapiens のため、"Hs"を指定します。topGOで上位20個のエンリッチされた GO カテゴリを表示します。Biological Processes を返すには、引数ontologyを"BP"に設定します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)