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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

遺伝子をフィルタリングする

データは対数変換と分位数正規化を済ませました。ここからは、解析対象の系に関係しない、発現量の低い遺伝子を除去します。

指示

100 XP

正規化済みの Populus データを含む ExpressionSet オブジェクト eset_norm がワークスペースに読み込まれています。

  • plotDensities を使って、各サンプルの遺伝子発現レベルの分布を可視化します。凡例は表示しないでください。

  • rowMeans を使って、平均発現レベルが 5 を超える遺伝子を判定します。この論理ベクトルの名前を keep とします。

  • 論理ベクトル keep を使って ExpressionSet オブジェクトの遺伝子（行）をフィルタリングし、もう一度可視化してください。