ExpressionSet オブジェクトで箱ひげ図を作成する
すべての実験データを1つの ExpressionSet オブジェクトにまとめたので、特徴量やサンプルの抽出がより便利になりました。この演習では、再び1つの遺伝子を可視化するために箱ひげ図を作成しますが、今回はプロットに含めるサンプルもサブセットします。
この演習はコースの一部です
R での limma を用いた Differential Expression 解析
演習の手順
ExpressionSet eset がワークスペースに読み込まれています。
esetをサブセットし、最初の10個のサンプル(列)のみを残してください。アクセサ関数
exprs、pData、fDataを使って、eset_subの1000番目の遺伝子(行)について箱ひげ図を作成してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])