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ExpressionSet オブジェクトで箱ひげ図を作成する

すべての実験データを1つの ExpressionSet オブジェクトにまとめたので、特徴量やサンプルの抽出がより便利になりました。この演習では、再び1つの遺伝子を可視化するために箱ひげ図を作成しますが、今回はプロットに含めるサンプルもサブセットします。

この演習はコースの一部です

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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演習の手順

ExpressionSet eset がワークスペースに読み込まれています。

  • eset をサブセットし、最初の10個のサンプル(列)のみを残してください。

  • アクセサ関数 exprspDatafData を使って、eset_sub の1000番目の遺伝子(行)について箱ひげ図を作成してください。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])
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