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  3. R での limma を用いた Differential Expression 解析
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演習

群平均に基づくコントラスト行列

今回は group-means パラメータ化を使っているため、limma のパイプラインに追加のステップが必要です。係数はそれぞれ、2つのサンプル群ごとの平均発現量を表します。そのため、進行性と安定性の白血病間の差を検定するために、カスタムコントラストを指定する必要があります。

指示

100 XP

白血病データを含む ExpressionSet オブジェクト eset と、先ほど作成したデザイン行列（design）はワークスペースに読み込まれています。

  • makeContrasts を使って、進行性と安定性のがんの平均発現量の差であるコントラスト status を定義します。

  • 引数 levels にはデザイン行列 design を渡します。これにより、design の列名（係数に対応）がコントラストの定義にそのまま使えるようになります。