1. เรียนรู้
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Exercises

Những gene tạo nên khác biệt

Xác định các đỉnh (peaks) trong ChIP-seq là bước quan trọng, nhưng bản thân nó chưa nói nhiều về những gì đang diễn ra bên trong tế bào. Trong bài tập này, bạn sẽ xem nhanh cách dùng chú giải hệ gen (genome annotations) để diễn giải kết quả ChIP-seq. Hai bộ gene đã được nạp sẵn vào phiên R cho bạn. Bộ đầu tiên, ar_sets, chứa danh sách tất cả các gene liên quan đến các đỉnh trong khối u nguyên phát và kháng điều trị. Bộ thứ hai, db_sets, là một tập con của bộ đầu tiên, chỉ gồm những gene liên quan đến các đỉnh cho thấy bằng chứng về mức độ gắn kết khác biệt giữa hai điều kiện.

Bạn sẽ dùng hàm upset() từ gói UpSetR để trực quan hóa mức độ chồng lắp giữa các tập gene của mẫu khối u nguyên phát và kháng điều trị.

คำแนะนำ

100 XP
  • Xem toàn bộ các tập gene được lưu trong đối tượng ar_sets.
  • Trực quan hóa phần chồng lắp giữa hai nhóm bằng hàm upset().
  • Xem các gene có mức độ gắn kết khác biệt.
  • Trực quan hóa phần chồng lắp của các đỉnh có gắn kết khác biệt giữa hai nhóm bằng hàm upset().