Gọi peak
Các read phân bố khắp bộ gen, nhưng những vị trí được protein quan tâm gắn vào sẽ thu hút nhiều read chồng lấn, tạo thành các peak trong độ phủ. Những peak này thường được ghi lại với tọa độ bộ gen cùng với một điểm số cho biết độ mạnh của tín hiệu quan sát được tại peak đó.
Một tập hợp gọi peak đã được nạp vào R cho bạn. Các gọi peak được lưu trong một đối tượng GenomicRanges có tên peaks. Bên cạnh các hàm thông dụng để truy cập nội dung của đối tượng GenomicRanges, có hai hàm tiện lợi dành cho gọi peak. Bạn có thể dùng hàm chrom để lấy nhiễm sắc thể mà một peak nằm trên đó và hàm score để lấy điểm số của peak.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- In
peaks, in một bản tóm tắt. - Dùng hàm
score()để tìm chỉ số của peak có điểm cao nhất. - Trích xuất tọa độ bộ gen của peak có điểm cao nhất bằng các hàm
chrom()vàranges().
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___