1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Gọi peak

Các read phân bố khắp bộ gen, nhưng những vị trí được protein quan tâm gắn vào sẽ thu hút nhiều read chồng lấn, tạo thành các peak trong độ phủ. Những peak này thường được ghi lại với tọa độ bộ gen cùng với một điểm số cho biết độ mạnh của tín hiệu quan sát được tại peak đó.

Một tập hợp gọi peak đã được nạp vào R cho bạn. Các gọi peak được lưu trong một đối tượng GenomicRanges có tên peaks. Bên cạnh các hàm thông dụng để truy cập nội dung của đối tượng GenomicRanges, có hai hàm tiện lợi dành cho gọi peak. Bạn có thể dùng hàm chrom để lấy nhiễm sắc thể mà một peak nằm trên đó và hàm score để lấy điểm số của peak.

Hướng dẫn

100 XP
  • In peaks, in một bản tóm tắt.
  • Dùng hàm score() để tìm chỉ số của peak có điểm cao nhất.
  • Trích xuất tọa độ bộ gen của peak có điểm cao nhất bằng các hàm chrom() và ranges().