Vẽ chi tiết một vùng gen
Đến lượt bạn vẽ một vùng gen bằng Gviz. Tất cả dữ liệu trong bài này đều từ nhiễm sắc thể 20 của một mẫu duy nhất. Một ideogram của nhiễm sắc thể 20 đã được tạo sẵn và lưu trong ideogram. Các reads đã được ánh xạ cũng đã được chuyển thành dữ liệu coverage. Thông tin này có trong một đối tượng GRanges tên là cover_ranges. Các peak call trong vùng bạn sẽ vẽ được lưu trong đối tượng peak_calls.
Có thể sẽ mất một chút thời gian để tải tất cả dữ liệu và gói R cần thiết cho bài tập này. Vui lòng kiên nhẫn.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Tạo annotation track cho các peak call.
- Tạo data track cho coverage của reads.
- Hiển thị biểu đồ theo thứ tự từ trên xuống: ideogram, coverage track, track của peak call, và trục hiển thị vị trí hệ gen.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)