Lọc reads
Trong bài này, bạn sẽ làm sạch dữ liệu thêm bằng cách loại bỏ các read có căn chỉnh chất lượng thấp. Để làm được điều đó, bạn cần nạp thông tin về chất lượng căn chỉnh từ file BAM. Các giá trị này được lưu trong trường mapq.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Nạp
readsvới thông tin về chất lượng căn chỉnh gắn với từng read. - Xác định tất cả các căn chỉnh có chất lượng ít nhất là 20.
- Tạo boxplot so sánh phân bố chất lượng căn chỉnh giữa nhóm chất lượng cao và thấp.
- Loại bỏ tất cả các căn chỉnh chất lượng thấp.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))
# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___
# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")
# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)