1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Lọc reads

Trong bài này, bạn sẽ làm sạch dữ liệu thêm bằng cách loại bỏ các read có căn chỉnh chất lượng thấp. Để làm được điều đó, bạn cần nạp thông tin về chất lượng căn chỉnh từ file BAM. Các giá trị này được lưu trong trường mapq.

Hướng dẫn

100 XP
  • Nạp reads với thông tin về chất lượng căn chỉnh gắn với từng read.
  • Xác định tất cả các căn chỉnh có chất lượng ít nhất là 20.
  • Tạo boxplot so sánh phân bố chất lượng căn chỉnh giữa nhóm chất lượng cao và thấp.
  • Loại bỏ tất cả các căn chỉnh chất lượng thấp.