1. 学ぶ
    2. /
  2. コース
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

演習

Gộp (consolidate) các peaks

Trước khi bạn tìm hiểu cách chú giải (annotate) các peak call, sẽ hữu ích nếu xem qua cách lấy một bộ peak đã gộp, bao gồm các call từ tất cả mẫu. Gói ChIPpeakAnno cung cấp hàm findOverlapsOfPeaks() cho mục đích này. Hàm này cho phép gộp các bộ peak, được biểu diễn dưới dạng GenomicRanges, từ tối đa năm mẫu.

Trước khi dùng hàm này, bạn cần trích xuất thông tin về các peak call từ đối tượng ChIPQCexperiment mà bạn đã tạo trước đó. Bạn có thể lấy vị trí peak thông qua hàm peaks(). Lưu ý rằng hàm này sẽ trả về các peak call cho tất cả mẫu, bao gồm cả những mẫu không vượt qua QC. Một vector chứa chỉ số của các mẫu mà chúng ta đã chọn để phân tích tiếp ở bước QC có sẵn trong qc_pass.

指示

100 XP
  • Trích xuất các peak từ đối tượng ChIPQCexperiment.
  • Loại bỏ tất cả mẫu không vượt qua QC.
  • Tìm phần chồng lắp giữa các bộ peak bằng hàm findOverlapsOfPeaks().
  • Kiểm tra bộ peak đã gộp có sẵn dưới mục mergedPeaks.