1. Учиться
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Exercise

Liên kết đỉnh với gen

Bạn gần như đã sẵn sàng để khám phá chi tiết hơn mối quan hệ giữa các đỉnh, gen và chức năng của chúng. Nhưng trước hết, hãy xem kỹ hơn cách vị trí các đỉnh liên quan đến gen. Gói chipenrich cung cấp các hàm vẽ hữu ích cho mục đích này. Đối tượng peaks chứa tọa độ của các đỉnh bạn đã dùng trước đó. Hàm plot_dist_to_tss() có thể tạo biểu đồ phân bố khoảng cách giữa vị trí đỉnh và vị trí bắt đầu phiên mã (TSS) của gen.

Hàm plot_chipenrich_spline() cho phép bạn đánh giá tần suất xuất hiện đỉnh theo chiều dài gen. Bên cạnh tần suất quan sát được, hàm cũng vẽ phân bố kỳ vọng cho kiểm định chính xác Fisher, mô hình nhị thức, và mô hình được dùng bởi hàm chipenrich().

Инструкции 1 / 2

undefined XP
    1
    2
  • Tạo biểu đồ phân bố khoảng cách giữa các đỉnh và vị trí bắt đầu phiên mã (TSS).