Biểu đồ MA
Biểu đồ MA trực quan hóa sự khác biệt giữa hai nhóm so với cường độ tín hiệu trung bình. Điều này hữu ích để đánh giá các sai lệch tiềm ẩn trong dữ liệu. Thông thường, phần lớn cường độ đỉnh (peak) không được kỳ vọng sẽ thay đổi giữa các điều kiện. Nghĩa là các điểm trên biểu đồ sẽ tụ quanh một đường ngang tại 0, tương ứng với không có thay đổi. Biểu đồ MA cũng giúp bạn nhanh chóng hình dung mức độ khác biệt giữa các nhóm lớn đến đâu.
Tương tự các hàm vẽ bạn đã dùng trước đó, DiffBind cung cấp hàm dba.plotMA() để tạo biểu đồ MA và có thể trích xuất mọi thông tin cần thiết từ đối tượng DBA.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Dùng hàm
dba.plotMA()để tạo một biểu đồ MA. - Quan sát biểu đồ. Lưu ý cách các khác biệt có ý nghĩa được làm nổi bật.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create an MA plot
___(ar_diff)