1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Exercise

Loại bỏ các vùng trong blacklist

Xác định và loại bỏ các peaks nằm trong blacklist là một bước quan trọng để chuẩn bị dữ liệu cho các phân tích tiếp theo. Trong bài này, chúng ta dùng danh sách blacklist đi kèm gói ChIPQC. Bạn cũng có thể lấy trực tiếp từ ENCODE.

Trong phạm vi bài tập này, kết quả gọi peaks có trong peaks, dữ liệu coverage ở cover, và các vùng blacklist ở blacklist.hg19. Hàm findOverlaps() sẽ hữu ích ở đây. Bạn đã gặp khái niệm các vùng chồng lắp trong khóa học Bioconductor nhập môn và chúng ta sẽ quay lại chủ đề này ở cuối chương.

Việc tải toàn bộ dữ liệu và các gói R cần thiết có thể mất một lúc. Vui lòng kiên nhẫn.

Instructions

100 XP
  • Tìm tất cả các vùng chồng lắp giữa peaks và các vùng blacklist.
  • Vẽ coverage của reads, các peak call, và các vùng blacklist bằng Gviz.
  • Loại bỏ tất cả các peaks thuộc blacklist.