Thiết lập mô hình
Trước khi chạy so sánh thực sự giữa các nhóm, bạn cần cho DiffBind biết cách các mẫu được chia giữa chúng. Cách đơn giản nhất là dùng một trong các danh mục được định nghĩa sẵn mà DiffBind gắn cho các mẫu. Chúng bao gồm các nhóm thường dùng như điều kiện thí nghiệm (condition) hoặc mô/tissue gắn với mỗi mẫu. Bạn có thể chỉ định danh mục muốn dùng thông qua đối số categories với các hằng như DBA_CONDITION và DBA_TISSUE. Trang trợ giúp của dba.contrast() liệt kê đầy đủ các hằng có sẵn.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Kiểm tra đối tượng
ar_binding. - Xác định danh mục tương ứng với điều kiện Khối u nguyên phát (primary) và Kháng điều trị (TURP).
- Thiết lập phép đối chiếu để so sánh hai loại khối u.
- Kiểm tra đối tượng
dba_peaksđể xác nhận rằng phép đối chiếu đã được thêm vào.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)