1. Învăţa
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

exercise

Thiết lập mô hình

Trước khi chạy so sánh thực sự giữa các nhóm, bạn cần cho DiffBind biết cách các mẫu được chia giữa chúng. Cách đơn giản nhất là dùng một trong các danh mục được định nghĩa sẵn mà DiffBind gắn cho các mẫu. Chúng bao gồm các nhóm thường dùng như điều kiện thí nghiệm (condition) hoặc mô/tissue gắn với mỗi mẫu. Bạn có thể chỉ định danh mục muốn dùng thông qua đối số categories với các hằng như DBA_CONDITION và DBA_TISSUE. Trang trợ giúp của dba.contrast() liệt kê đầy đủ các hằng có sẵn.

Instrucţiuni

100 XP
  • Kiểm tra đối tượng ar_binding.
  • Xác định danh mục tương ứng với điều kiện Khối u nguyên phát (primary) và Kháng điều trị (TURP).
  • Thiết lập phép đối chiếu để so sánh hai loại khối u.
  • Kiểm tra đối tượng dba_peaks để xác nhận rằng phép đối chiếu đã được thêm vào.