Tóm tắt khác biệt trong liên kết protein
Biểu đồ cuối cùng về các đỉnh (peak) liên kết khác biệt mà bạn sẽ xem trong bài này là biểu đồ hộp (box plot). Dạng biểu đồ này hữu ích để tóm tắt phân bố cường độ đỉnh trong từng mẫu. DiffBind cung cấp hàm dba.plotBox() cho mục đích này. Box plot làm nổi bật vị trí trung vị của các nhóm khác nhau cũng như độ phân tán dữ liệu quanh đó. Biểu đồ do DiffBind tạo sẽ so sánh hai nhóm (khối u nguyên phát và kháng điều trị) cũng như các nhóm con gồm các đỉnh liên kết khác biệt. Bên cạnh biểu đồ, dba.plotBox() còn trả về các giá trị p cho so sánh cặp giữa các nhóm này.
Như trước đó, kết quả phân tích liên kết khác biệt có trong ar_diff.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Tạo một box plot cho cường độ đỉnh.
- Xem các giá trị p trả về. Bộ đỉnh nào khác biệt có ý nghĩa thống kê so với nhau?
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)