Peaks so với nền
Giờ là lúc so sánh phân bố độ phủ (coverage) của các peak, vùng trong danh sách đen (blacklist), và nền (background). Trong bài này, bạn sẽ xem dữ liệu từ nhiễm sắc thể 5.
Các số lượt đọc đã chia ô (binned read counts) cho peak, vùng blacklist, và nền của nhiễm sắc thể này lần lượt có sẵn trong peak_bins, bl_bins, và bkg_bins. Cột score chứa số lượt đọc.
Việc tải tất cả dữ liệu và gói R cần thiết cho bài tập này có thể mất một chút thời gian. Vui lòng chờ trong giây lát.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Chuẩn bị số lượt đọc để vẽ bằng cách sắp xếp chúng vào các data frame.
- Gộp ba data frame bằng
rbind(). - Tạo boxplot cho số lượt đọc theo loại bin.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()