1. Uczyć się
  2. /
  3. Courses
  4. /
  5. ChIP-seq với Bioconductor trong R

Connected

Exercise

Peaks so với nền

Giờ là lúc so sánh phân bố độ phủ (coverage) của các peak, vùng trong danh sách đen (blacklist), và nền (background). Trong bài này, bạn sẽ xem dữ liệu từ nhiễm sắc thể 5. Các số lượt đọc đã chia ô (binned read counts) cho peak, vùng blacklist, và nền của nhiễm sắc thể này lần lượt có sẵn trong peak_bins, bl_bins, và bkg_bins. Cột score chứa số lượt đọc.

Việc tải tất cả dữ liệu và gói R cần thiết cho bài tập này có thể mất một chút thời gian. Vui lòng chờ trong giây lát.

Instrukcje

100 XP
  • Chuẩn bị số lượt đọc để vẽ bằng cách sắp xếp chúng vào các data frame.
  • Gộp ba data frame bằng rbind().
  • Tạo boxplot cho số lượt đọc theo loại bin.