1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Exercise

Xem lại PCA và Heatmap

Bây giờ khi bạn đã xác định được những khác biệt chính giữa các mẫu, bạn có thể tạo thêm một bộ biểu đồ để so sánh các mẫu. Chúng rất giống với các biểu đồ bạn đã xem trước đó, nhưng lần này bạn chỉ dùng các đỉnh có liên kết khác biệt. Cách này giúp giảm nhiễu trên biểu đồ và làm nổi bật sự khác biệt. Các hàm vẽ của DiffBind có tham số contrast cho phép bạn chỉ định phép so sánh nào sẽ được dùng để chọn các đỉnh đưa vào biểu đồ. Trong bài tập này, bạn sẽ so sánh các biểu đồ gốc với các phiên bản đã được tinh gọn.

Instructions 1/4

undefined XP
    1
    2
    3
    4
  • Tạo biểu đồ PCA dùng tất cả các đỉnh.