1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Những đỉnh nào khác biệt?

Hãy xem mức độ khác nhau giữa các mẫu về số lượng đỉnh được gọi. Dựa trên các đỉnh đã gộp mà bạn đã làm việc trước đó, có bao nhiêu đỉnh được chia sẻ giữa các mẫu khác nhau?

Một biểu đồ có thể trả lời câu hỏi này là sơ đồ Venn. Bạn có thể tạo trực tiếp từ đối tượng DBA bằng hàm dba.plotVenn(). Một lựa chọn khác là dùng biểu đồ UpSet, có thể tạo với gói UpSetR. Cách này thay các hình ellipse của sơ đồ Venn bằng một loạt biểu đồ cột, thể hiện kích thước của các tập con khác nhau. Hàm upset() yêu cầu bạn cung cấp một data frame với một cột cho mỗi tập (tức là mỗi mẫu), thể hiện việc một đỉnh có thuộc tập đó hay không. Dữ liệu cần thiết nằm trong trường called của đối tượng ar_diff.

Hướng dẫn 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Tạo sơ đồ Venn từ đối tượng ar_diff.