Khớp mô hình
Giờ bạn đã sẵn sàng thực hiện phân tích liên kết khác biệt. Phân tích này sẽ cho biết đỉnh (peak) nào khác biệt có ý nghĩa về cường độ giữa hai loại khối u. Việc biết những đỉnh khác nhau giữa các nhóm sẽ là nền tảng cho các phân tích tiếp theo nhằm xác định cơ chế nền tảng dẫn đến các khác biệt này. Trước mắt, hãy tìm các đỉnh được liên kết khác biệt. Hàm dba.analyze() từ gói DiffBind cho phép bạn làm điều đó. Ở bài trước, bạn đã thiết lập tương phản để so sánh giữa các loại khối u. Dùng đối tượng đã có tương phản, bạn chỉ cần gọi dba.analyze() để thực hiện phần còn lại.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Kiểm tra đối tượng
ar_bindingđể xác nhận rằng nó chứa tương phản cần thiết. - Chạy phân tích liên kết khác biệt.
- Kiểm tra kết quả.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)