Hiểu tác động lên các con đường (pathway)
Pathway là một cách hữu ích khác để nhóm các gene. Trong bài tập này, bạn sẽ xem xét kết quả của phân tích làm giàu pathway (pathway enrichment) đối với các peak nổi bật hơn trong mẫu khối u nguyên phát. Đối tượng enrich_primary chứa các kết quả. Đây là một list gồm bốn mục. Mối quan tâm chính của bạn lúc này là results, một data frame chứa kết quả làm giàu, được sắp xếp theo mức ý nghĩa. Nó bao gồm ID và tên của các bộ gene, cùng các gene liên quan tới các peak thuộc bộ gene đó. Ở đây, gene được báo cáo dưới dạng Entrez ID. Bạn có thể dùng cơ sở dữ liệu do gói org.Hs.eg.db cung cấp để chuyển đổi giữa Entrez ID và ký hiệu gene (gene symbol). Hàm select() cung cấp một giao diện thuận tiện để chọn các mục từ cột SYMBOL bằng cách dùng kiểu khóa ENTREZID.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Khảo sát các bộ gene đứng đầu.
- Trích xuất các ID gene của bộ đứng hạng cao nhất.
- Tách các ID gene thành một vector.
- Chuyển đổi ID gene sang ký hiệu gene.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)